As Irmãs de São José fazem parte do grande movimento de vida religiosa apostólica feminina em seguimento de Angela de Merici, Mary Ward, do primeiro projeto das Irmãs da Visitação, das Filhas da Caridade de São Vicente de Paulo, etc... No século 17, na França, algumas mulheres desejaram viver sua consagração a Deus no meio do povo, e não atrás das grades dos claustros, de acordo com as leis da Igreja e os costumes daquele tempo.

Com o apoio espiritual de um Jesuíta, Padre Médaille, mulheres humildes se reuniram e se apoiaram mutuamente numa vida inteiramente dedicada a Deus e aos outros. Elas procuravam responder às necessidades do seu tempo e se tornaram instrumentos de unidade e de reconciliação.

Em 15 de outubro de 1650, o Bispo de Le Puy, Dom Henrique de Maupas, oficialmente reconheceu a Congregação das Irmãs de São José que estava se desenvolvendo rapidamente no centro e no sudeste da França. Mais de cento e cinquenta comunidades foram supressas no tempo da Revolução Francesa. As Irmãs foram dispersas, algumas aprisionadas e cinco foram martirizadas na guilhotina.

A partir de 1851, as Irmãs da Saboia foram para a Índia para reforçar a missão das Irmãs de Annecy, para Carondolet nos Estados Unidos e começaram a se estabelecer no centro da França. Como as primeiras religiosas católicas a irem para a Escandinávia, depois da Reforma, elas se espalharam para a Dinamarca (1856), Suécia (1862), Noruega (1865) e Islândia (1896). Enquanto isto, sua missão se estendia para o Brasil (1858) e para a Rússia (1863), de onde elas foram expulsas pela Revolução. Em 1872, um ramo em Roma, fundado por Turim, uniu-se a Chambéry.

Depois do momento revolucionário, as comunidades foram formadas de novo e cresceram rapidamente, com Lion se tornando a origem da maioria das Congregações de São José pelo mundo. Em 14 de julho de 1808, doze jovens tomaram o hábito sob a orientação de Madre São João Fontbonne, uma antiga Irmã que tinha escapado da prisão durante a Revolução. Dentre elas, Madre São João Marcoux foi enviada para a Saboia em 1812. Como fundadora da Congregação de Chambéry, ela, por sua vez, enviou Irmãs para Saint Jean de Maurienne e para Moûtiers, na Saboia, para Turim e Pignerolo no Piemonte, dando, então, origem a novos ramos das Irmãs de São José.

A expansão continua no século 20, na Europa (Bélgica, Suíça, Alemanha, Irlanda, País de Gales e República Checa) e também para o Paquistão, para Madagascar, onde as Irmãs de São José de Aosta assumiram a missão, para a Libéria, onde a missão teve que ser abandonada durante a guerra civil lá, e para a Bolívia.

A sede da Congregação mudou-se para Roma em 1946.

No início deste século, outras missões foram estabelecidas em Tanzânia e em Moçambique.

Nos últimos trinta anos, membros leigos têm participado das riquezas de nossa espiritualidade.